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南投縣在明鄭時代屬天興縣，後屬北路安撫司。1683年隸屬於福建省台灣府諸羅縣。1723年增設彰化縣，本縣隸屬之。至1759年正式設縣丞，此為南投縣有政教之始。1887年福建、台灣分治，台灣改制為台灣省，這時的南投行政區屬台灣府台灣縣，縣丞駐南投，同時雲林縣衙設在竹山，管轄雲林縣。
1895年日治之始，南投行政區隸屬臺中州。1945年戰後初期本縣仍屬臺中縣轄。
1950年10月台灣實施地方自治，政府調整全省行政區，於是南投自臺中縣劃出單獨設縣，此為南投縣之誕生。縣治設於南投鎮。
1981年南投鎮改制為市，本縣行政區分為一市四鎮八鄉，即

• 縣轄市：
  • 南投市
• 鎮：
  • 竹山鎮、
  • 草屯鎮、
  • 埔里鎮、
  • 集集鎮；
• 鄉：
  • 中寮鄉、
  • 名間鄉、
  • 鹿谷鄉、
  • 水里鄉、
  • 魚池鄉、
  • 國姓鄉、
  • 信義鄉、
  • 仁愛鄉。